Ешлі Грем — донька президента США. Її викрадає іспанський релігійний культ «Лос-Ілюмінадос» (Los Illuminados), щоб використати як інструмент для шантажу та встановлення контролю над американським урядом.
У 2004 році, коли Ешлі поверталася додому з коледжу в штаті Массачусетс, її викрав Джек Краузер — найманець, який потай працював на лідера культу Осмунда Саддлера. Дівчину таємно перевезли до глухого іспанського селища. Отримавши розвіддані про місцеперебування доньки президента, уряд США відправляє на її пошуки спецагента Леона С. Кеннеді. Прибувши на місце, Леон з'ясовує, що місцеві селяни повністю втратили волю й фанатично віддані культу через інфікування паразитичними організмами, відомими як Ла-Плага (Las Plagas).
Леон знаходить Ешлі в церкві на околиці села, проте невдовзі вони стикаються із самим Саддлером. Лідер культу розповідає, що в тіла Ешлі та Леона вже вживлено яйця паразитів. План Саддлера полягав у тому, щоб дозволити Ешлі повернутися до батька, а після того, як паразит повністю підпорядкує її розум, інфікувати вище керівництво США і зруйнувати державний апарат зсередини.
Тікаючи від Саддлера та агресивних селян, Леон та Ешлі потрапляють спочатку до замку кастеляна Рамона Салазара, а згодом — до військово-дослідного комплексу на сусідньому острові. Протягом місії культистам кілька разів удається знову схопити Ешлі, але Леон щоразу визволяє її. На острові вони знаходять лазерний хірургічний апарат, розроблений дослідником Луїсом Серою, який здатний випалити паразита з тіла носія. Скориставшись цим пристроєм, Леон та Ешлі знищують Ла-Плага в собі, позбавляючи Саддлера єдиного важеля впливу на них.
Після ліквідації Саддлера герої тікають з острова, що ось-ось вибухне, на гідроциклі, ключі від якого Леону залишила Ада Вонг. Наприкінці Ешлі натякає Леону на романтичне продовження знайомства і пропонує йому «попрацювати понаднормово», проте агент ввічливо відмовляє. Невдовзі їх обох рятують та евакуюють американські спецслужби.