Такасугі зародила революційну ідею допоміжної нерегулярної міліції (Shotai). За феодальною системою лише класу самураїв було дозволено володіти зброєю. Такасугі сприяло наборі простих людей у нові, соціально змішані воєнізовані одиниці. У цих підрозділах ні набір, ні просування залежали (принаймні теоретично), про соціальний статус. Фермери, купці, столяри і навіть сумо-коливці та буддійські священики були зараховані, хоча самурай все ще утворював більшість у більшості Шотаї. Такасугі чітко побачив, що використання фінансового багатства торговців та фермерів середнього класу може збільшити військову силу домену, не послаблюючи його фінанси. Оскільки лідери Чушу не змогли - і не бажали - змінити соціальну структуру домену, обмежене використання селян та простолюдинів дозволило їм сформувати новий тип військових, не порушуючи традиційного суспільства. У 1863 році Такасугі заснував спеціальний підрозділ Shotai під своїм прямим командуванням під назвою Кіхейтай, який складався з 300 солдатів (приблизно половина з яких була самурай). Ослаблений каральною атакою західними державами, Чуш не зміг протистояти експедиції, встановленій Бакуфу восени 1864 р. У відплаті за попередні спроби Chōshū взяти контроль над Кіото. Спочатку консервативні сили, які виступали за примирення з Бакуфу з метою забезпечення домену, були домінуючими в політиці Chōshū, а Такасугі та деякі його співвітчизники повинні були залишити домен, щоб уникнути поновленого ув'язнення. Такасугі, маючи лише десяток підписників, включаючи майбутніх політичних лідерів Ямагата Арітомо, Іт Хіробумі та Інуе Каору, зібралися в Кокурі в Кюшу і підготували напад на консервативні сили в Чашу. Подальша громадянська війна в Чашу розпочалася 13 січня 1865 року. Такасугі відіграв головну роль у цій громадянській війні, і його міліція Кіхейтая довела свою перевагу над старомодними силами самураїв. Завдяки низці швидких ударів та підтримкою Кідо Такайосі, Такасугі досяг перемоги до березня 1865 року. Він став одним з головних арбітрів політики домену Чашу і продовжував діяти як експерт домену з західної військової науки, присвячуючи його зусилля щодо імпорту зброї та підйомів. Ці реформи виявилися успішними, коли Чашу перемогла на чотирьох фронтах проти другої експедиції в Бакуфу в 1866 році, при цьому сам Кіхейтай забезпечив перемогу на двох фронтах. Зусилля Такасугі здійснили невелику "націю в озброєнні" з Чушу, надавши йому військову силу з пропорційності відносно невеликому розміру. З перемогою над силами Токугава, військова сила Бакуфу була дискредитована, і традиційно суперницькі домени вирішили об'єднати сили з Чашу в наступних битвах, що призвело до відновлення Мейдзі та кінця Токугава Бакуфу.