Мігель приєднується до ZAFT, щоб заробити на лікарів для свого молодшого брата, який хворів; відомий як «Чарівна куля сутінків», тому що він зазвичай пілотує налаштований GINN, який має помаранчевий колір, як і колір сутінків, і завдяки високій мобільності нестандартного GINN його стиль бою спеціалізується на завданні смертельних ударів; ас ZAFT під командуванням Рау Ле Крезе.
Мігель показаний як непохитна і дещо зарозуміла особистість, яка зазвичай недооцінює своїх природних супротивників. Мігель бере участь у передачі астероїдної бази Нова РОСЛИНАМ, хоча він думав, що це буде невесело. Однак він вступає в бій з Му Ла Флагою під час рейду Земних військ. У січні 71 року н. е. «Везалій» класу «Наска» під командуванням Рау Ле Крезе відправляється розслідувати таємниче знищення баз постачання ZAFT. Під час патрулювання Мігель виявляє винуватця нападів: найманця Зміїного хвоста Гая Муракумо. GINN Мігеля пошкоджений у бою з власним GINN Гая, що змушує його перейти на стандартний GINN для нападу на Геліополь 25 січня.
Під час атаки на Геліополіс у Gundam SEED Мігель намагається захопити GAT-X105 Strike після того, як почув від Атруна Зали, що Расті Маккензі — пілот ZAFT, який мав взяти його — був убитий, і що Strike керує солдат Земного Альянсу (Мурру Раміус). Однак Атрун не згадує, що Кіра Ямато, його подруга дитинства, також є в кабіні, і що Кіра є координатором, як і вони. Мігель каже Атруну вивезти GAT-X303 Aegis з Геліополіса, поки він не пошкодиться, а потім намагається сам взяти на себе удар зі Страйком. Мурру не зрівняється з Мігелем, і, побачивши, що його друзі Сай Аргайл, Куззі Бускірк, Міріалія Хо і Толле Кеніг перебувають поблизу цієї битви, Кіра бере під свій контроль Страйка та дає відсіч, зрештою змушуючи Мігеля відступити після того, як він вимкнув GINN пілота ZAFT. Мігель швидко натиснув на курок самознищення і виліз із свого GINN, перш ніж той вибухнув.
~!Вважаючи, що Натурал пілотує Страйк, Мігель принижений своєю поразкою та клянеться помститися. Зрештою Мігеля вбивають, коли Кіра розрізає його GINN і його навпіл по тулубу Schwert Gewehr із Strike (тою самою зброєю, якою він використає, щоб убити Ніколь Амальфі в наступній битві); Мігель має сумнівну честь бути першою людиною, убитою в бою Кірою Ямато.!~