Зникнення Харухі Судзумії

Холодного грудневого дня Кіон приходить до школи, готовий до чергової прогулянки зі своїми товаришами по бригаді SOS. Однак, на свій подив, він виявляє, що майже все повністю змінилося: Харухі Судзумія та Іцукі Коїдзумі ніде не знайдені; Мікуру Асахіна взагалі не впізнає його; Юкі Нагато — звичайна людина; і Рьоко Асакура таємничим чином повернулася. Незважаючи на те, що йому не чуже надприродне, Кіон стурбований таким дивним поворотом подій і вирішує провести розслідування самостійно. Виявивши себе єдиною людиною, яка усвідомлює попередню реальність, Кіон тепер стоїть перед важким вибором: нарешті жити нормальним життям, якого він завжди хотів, або знайти спосіб повернути стрілки часу назад і відновити свій хаотичний, але звичний світ.