«Моя молодша сестра сама не своя» розповідає про сім'ю, яка щойно почала будуватися заново. Коли пан та пані Канзакі побралися, вони привели із собою у нову родину сина та доньку підліткового віку. Але першокурсниця старшої школи Міцукі Канзакі зовсім не в захваті від цього. Страждаючи через минуле з вічно відсутніми батьками-тиранами, вона не поспішає приймати вітчима та зведеного брата. Проте після нещасного випадку, через який Міцукі потрапляє до лікарні, у неї вселяється привид Хійорі Котобукі — дівчини її віку, яка була палко закохана у зведеного брата Міцукі, Юую. Хійорі не може відійти у потойбіччя через своє нерозділене кохання до Юуї, а це означає, що вона мусить втілити його... у тілі Міцукі?! Тепер життя Міцукі залежить від того, чи потрапить Хійорі до раю. Але чи зможе вона звикнути до того, що ділить власне тіло з наполегливим та влюбчивим привидом? Чи зможе вона подолати недовіру до своєї нової родини? Чи наважиться вона задовольнити почуття Хійорі до Юуї? І чи не приховує вона власні почуття?