Дух в оболонці. Початок - Межа перша: Фантомний біль

Дія аніме розгортається в 2027 році, через рік після закінчення четвертої неядерної війни. Нью-Порт-Сіті все ще відчуває наслідки війни, коли його бомбили самохідною міні. Потім військовослужбовця, причетного до торгівлі зброєю, вбивають. Під час розслідування Дайсуке Арамакі з відділу громадської безпеки зустрічає Мотоко Кусанагі, хакера рівня чарівника-кіборга, призначеного до 501-го військового секретного підрозділу. Батоу, людина з «несплячим оком», підозрює, що за вибухом стоїть Кусанагі. Детектив поліції префектури Нііхама Тогуса розслідує власні подвійні справи про стрілянину та вбивство повії. За самою Мотоко стежать начальник 501-го секретного підрозділу Куруцу та агенти-кіборги.